O HSQLDB, como é mais conhecido, é 100% feito em java e com certeza é a sua melhor opção para desenvolver e testar aplicações java.

Como inicializar um banco de dados

java -cp hsqldb.jar org.hsqldb.Server -database.0 banco -dbname.0 banco

O primeiro argumento -database.0 informa o nome do banco de dados. Enquanto que o segundo argumento, o -dbname.0, informa um alias para o banco de dados.

Como inicializar o manager:

java -cp hsqldb.jar org.hsqldb.util.DatabaseManagerSwing

Screenshot do manager:

Maiores detalhes em: (Online) (Download)